Unit Peperiksaan Kolej Matrikulasi Johor adalah unit yang menguruskan perkara berkaitan peperiksaan di kolej. Unit peperiksaan diletakkan di bawah Pengarah Kolej Matrikulasi Johor, Tuan Hj. Mohd Yusof bin Samad dan Timbalan Pengarah Kolej Matrikulasi Johor, En. Muhamad Fariq bin Che Mee. Unit peperiksaan ditempatkan di bilik aras bawah bangunan pentadbiran berhadapan dengan bilik Ketua Jabatan Matematik dan Ketua Jabatan Sastera Ikhtisas.

Unit ini terdiri daripada dua orang pegawai peperiksaan iaitu Penolong Pengarah Peperiksaan I, Tuan HJ. Mohd Tajuddin bin Abd. Halim dan Penolong Pengarah Peperiksaan II, En. Mohd Azham Shah bin Abdul Aziz yang menjalankan tugas-tugas berkaitan peperiksaan di Kolej Matrikulasi Johor serta dibantu oleh seorang Pembantu Operasi, En. Muhammad Riduan Bin Md Nor.