Unit Peperiksaan Kolej Matrikulasi Johor adalah unit yang menguruskan perkara berkaitan peperiksaan di kolej. Unit peperiksaan diletakkan di bawah Pengarah Kolej Matrikulasi Johor, En. Muhamad Fariq bin Che Mee dan Timbalan Pengarah Kolej Matrikulasi Johor, En. Masah bin Abu Mansor. Unit peperiksaan ditempatkan di bilik aras bawah bangunan pentadbiran berhadapan dengan bilik Ketua Jabatan Matematik dan Ketua Jabatan Sastera Ikhtisas.
Unit ini terdiri seorang pegawai peperiksaan iaitu Penolong Pengarah Peperiksaan, En. Mohd Azham Shah bin Abdul Aziz yang menjalankan tugas-tugas berkaitan peperiksaan di Kolej Matrikulasi Johor serta dibantu oleh seorang Pembantu Operasi, En. Muhammad Riduan Bin Md Nor.